Enquête sur la gestion ratée d'une crise sanitaire

santé 24 | 08 | 2011

Enquête sur la gestion ratée d’une crise sanitaire

Avec plus de 40 décès et 4 000 hospitalisations, la contamination par la souche E. coli O104:H4 met en évidence les lacunes du système de production des graines germées bio.

Le 22 mai 2011, les autorités sanitaires de la ville de Hamburg ont averti le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) qu’elles avaient constaté un nombre anormal de cas d’intoxications par la bactérie Escherichia Coli. Or, il ressort des documents officiels de l’Institut Robert Koch (RKI), en charge de la veille sanitaire en Allemagne, que le premier cas a été enregistré dès le 1er mai [1]. Ce qui veut dire que les autorités de Hamburg ont attendu 22 jours avant de donner l’alerte ! Une erreur impardonnable, qui a malheureusement été suivie de bien d’autres, et qui ne s’explique pas seulement par les lenteurs bureaucratiques inhérentes au système fédéral de santé allemand. Certes, il est vrai que les autorités sanitaires locales ne reportent qu’une fois par semaine ce type d’infections à leur autorité de tutelle, qui à son tour fait remonter l’information à l’Institut Robert Koch, également une fois par semaine. « Le délai maximum pour détecter une épidémie est donc de 14 jours », note ainsi Angelika Fruth, responsable au RKI. Mais dans le cas présent, il a été largement dépassé. En effet, le RKI n’a été informé du premier cas que le 19 mai, comme l’a expliqué à A&E Susanne Glasmacher, porte-parole de l’institut. En revanche, à partir du 25 mai 2011, une communication précipitée, relayant des messages contradictoires, voire inexacts, a ajouté à la plus grave crise sanitaire qu’a connue l’Union européenne depuis l’épisode de la vache folle un affolement irrationnel, portant un coup redoutable à l’économie de toute une filière.

Certainement sans mesurer la portée de ses propos, Cornelia Prüfer-Storcks, chargée des questions de santé de la ville hanséatique, a annoncé dès
le 26 mai avoir de « sérieux soupçons » sur des concombres provenant de deux exploitations espagnoles. En effet, deux échantillons de cucurbitacées bio ibériques présentaient des traces d’E. coli. En moins de vingt-quatre heures, la panique se répand à travers l’Europe, mettant à genoux le secteur des légumes d’un pays entier. Symboles de l’agriculture espagnole qu’il est de bon ton de vilipender, ces concombres – certes bio, mais ayant traversé l’Europe pour être écoulés en Allemagne – constituent les coupables idéals ; et permettent de saluer les avantages des productions locales et familiales, françaises comme allemandes, censées être plus respectueuses que celles de nos voisins du Sud. Et pourtant...

Une semaine plus tard, Cornelia Prüfer-Storcks est contrainte de se rétracter et « d’exprimer des doutes sur la responsabilité des concombres espagnols ». « La source de l’intoxication n’a toujours pas été identifiée », admet la responsable le 31 mai, lors d’un point-presse [2]. À ce moment, elle possède les résultats de l’équipe du Dr Helge Karch, l’un des plus éminents spécialistes des infections par E. coli, de l’Université de Münster. En moins de 48 heures, il a réussi à identifier la souche précise de l’intoxication : un E.coli de type O104:H4.

Seul problème, les autorités allemandes n’ont fait appel à cet expert que le 23 mai au matin ! Pire, alors qu’ils accusaient les concombres espagnols, les responsables de Hamburg n’avaient même pas vérifié si ces légumes étaient porteurs ou non de la souche 0104:H4. En clair, Cornelia Prüfer-Storcks a semé la panique sur la base de simples supputations ! « Publier les résultats (qui désignaient les concombres espagnols comme source possible) était la bonne chose à faire », se justifie l’élue socialiste, qui se défend d’avoir communiqué à la légère. « Il aurait été irresponsable, face à un tel nombre de malades, de cacher un soupçon justifié. La protection des vies humaines passe avant les intérêts économiques », poursuit-elle. Certes. Mais la protection des vies humaines exige également une rigueur qui a étrangement fait défaut aux services de l’Institut Koch et aux responsables de la communication de la région de Hamburg...

Deux erreurs impardonnables ont été commises par les autorités allemandes. D’une part, elles n’ont pas immédiatement déterminé la souche responsable de l’épidémie, alors que les méthodes d’identification par PCR (réaction en chaîne par polymérase) permettent d’obtenir des résultats en quelques heures. En outre, ces techniques basées sur l’amplification d’ADN in vitro sont largement disponibles dans les hôpitaux. Les autorités sanitaires allemandes ont attendu plus de trois semaines après le début de l’épidémie pour définir la souche exacte ! D’autre part, l’étude épidémiologique a été construite autour de formulaires desquels la mention « graines germées » avait été volontairement retirée ! « Dans le tout premier questionnaire, qui date du 20 mai et qui a été adressé à 12 personnes, les graines germées figuraient. Mais comme seulement 3 personnes sur les 12 interrogées initialement ont répondu avoir consommé cet aliment, il a été décidé de ne plus poser cette question ultérieurement, cette piste n’étant pas considérée comme suffisamment convaincante », justifie Susanne Glasmacher. Partant du constat que 95% des malades – majoritairement des femmes adultes – avaient consommé soit de la salade, soit des concombres, soit des tomates, les enquêteurs ont donc trop rapidement conclu qu’un ou plusieurs de ces légumes étaient à l’origine de l’épidémie. La fausse piste des concombres résulte exclusivement de cette erreur d’appréciation initiale.

On repart de zéro

Fin mai, les autorités sanitaires allemandes doivent donc reprendre l’enquête à zéro. Plus de 150 personnes, dont une centaine de l’Institut RKI, sont mobilisées. En moins d’une semaine, le 5 juin exactement, les enquêteurs résolvent l’énigme, grâce à l’analyse minutieuse des menus préparés dans plusieurs restaurants (notamment de Lübeck) dans lesquels avaient mangé dix-sept clients tombés malades ensuite. L’épidémie en est alors à son 36e jour. Elle a déjà causé 23 décès et touché plus de 2000 personnes. Débordés par l’afflux des victimes, les hôpitaux de Hamburg ne peuvent accueillir tous les patients, qui sont alors redirigés vers des hôpitaux situés hors de la cité hanséatique. Les effectifs hospitaliers sont insuffisants, avec un personnel médical épuisé. C’est que le coupable réel n’est toujours pas celui que l’on pointe officiellement du doigt. En effet, alors que les concombres, tomates et laitues sont fuis par la population, suivant en cela les recommandations des autorités sanitaires, les graines germées, ces « nouvelles stars de nos assiettes » – pour reprendre les propos de Laurent Delhomme et Tony Casabianca, journalistes d’Envoyé Spécial qui consacrent au même moment un reportage invitant les téléspectateurs à découvrir « ces petites graines qui ne cessent de grandir » – ne font l’objet d’aucune mesure de mise en garde ! Le résultat final et funeste de ces lenteurs administratives sera terrible : plus de 40 décès, des centaines de personnes atteintes à vie de troubles rénaux (syndrome hémolytique et urémique ou SHU) et près de 4000 personnes intoxiquées, soignées dans les hôpitaux de 13 pays différents. Côté production, ce sont 6000 tonnes de concombres, plus de 3 500 tonnes de tomates et 1 300 hectares de laitues qui ont été inutilement détruits, occasionnant des pertes économiques frisant le demi-milliard d’euros.

Or, à partir du moment où de véritables moyens ont été déployés pour connaître l’origine de la crise sanitaire, les inspecteurs n’ont pas tardé à remonter à la source : des graines germées bio issues de l’exploitation de Klaus Verbeck, située dans la charmante ville de Bienenbüttel, à 56 km au sud de Hamburg. Lors d’une conférence de presse, le ministre de l’Agriculture de Basse-Saxe, Gert Lindemann, a indiqué que les différents types de germes (essentiellement des haricots mungo distribués à un grand nombre de restaurants de cinq Länder dans lesquels des clients avaient été intoxiqués) provenaient tous de cette exploitation. Dans un premier temps, les services sanitaires ont procédé à une série d’analyses de l’ex- ploitation incriminée (eau, système d’aération, marchandise, étals, etc.). Toutes se sont révélées négatives. Toutefois, ces prélèvements ayant été effectués 35 jours après le début de l’épidémie, il n’est pas surprenant de n’y avoir rien retrouvé. L’agent pathogène coupable avait quitté les lieux depuis longtemps...

L’hypothèse des graines germées a été prise d’autant plus au sérieux que ces aliments constituent, avec la viande hachée et certains produits laitiers, un vecteur à risques des maladies bactériennes bien connu. « Les graines germées sont, ces dernières années, devenues très populaires en raison de leur valeur nutri- tionnelle. Cependant, un certain nombre d’observations faisant état de flambées d’intoxications associées à la consom- mation de ces légumes crus ont suscité la préoccupation des organismes de santé publique et des consommateurs [3] », indique l’Organisation mondiale de la santé (OMS). En 1992, une intoxication par la souche d’E. coli O157:H7, pré- sente dans des graines de radis, avait causé plus de 7000 victimes à Sakai City (Japon). Depuis, les États-Unis et le Canada ont rapporté plus de 20 intoxica-
tions liées à des graines germées pour la période 1995-2003. En outre, il est notoire que le risque bactérien est directement lié à la germination des graines, qui nécessite un environnement confiné, chaud et humide, connu pour favoriser la croissance de la plupart des micro- organismes pathogènes. « L’E. coli entéro- hémorragique (ECEH) se multiplie dans une fourchette de températures de 7°C à 50°C, la température optimale étant de 37°C », précise l’OMS. « Pendant la germination, quand se forme la plantule, un petit nombre d’agents pathogènes présents à la surface des graines peuvent se déve- lopper rapidement et devenir suffisamment nombreux pour provoquer une maladie », précise l’organisation de la santé.

Une exploitation bio très sérieuse...

Reste à savoir comment ces agents pathogènes ont pu s’introduire dans l’exploitation de Klaus Verbeck. « L’hygiène y est respectée et toutes les dispositions réglementaires y sont observées », a tenu à souligner Gert Hahne, le porte-parole des services de protection des consommateurs de Basse-Saxe [4] . Il indique « ne rien avoir constaté de fautif dans cette exploitation, ni rien qui puisse donner lieu à des poursuites judiciaires ». « Ce sont des gens très sérieux, qui travaillent beaucoup et qui se sont lancés très tôt dans la production biologique. Ils sont installés ici depuis une trentaine d’années. J’ai mangé toutes sortes de légumes cultivés chez eux, y compris des germes de soja, et ils sont délicieux. Je ne peux pas imaginer que l’origine de la contamination se trouve ici » , témoigne Sybille Lange, une voisine
et mère de famille de 45 ans, encore sous le choc... comme le sont également ces
femmes de 20 à 50 ans pour la plupart, qui ont payé le prix fort pour avoir été
convaincues que les graines germées « donnent un ton gai et ludique aux menus tout en contribuant à l’équilibre nutritionnel » ! De son côté, Klaus Verbeck a déclaré « ne pas comprendre comment les procédés [qu’il respecte] ici peuvent être compatibles avec les accusations ». Pour preuve, il avance qu’aucun engrais organique – la source la plus commune d’intoxication– n’a été utilisé, et qu’aucun animal n’était présent sur son exploitation. Des propos curieux ! Car si les engrais organiques sont bien une source potentielle de contamination, ils ne le sont que lors de la culture des graines. Or, l’exploitation de Klaus Verbeck ne cultive pas de graines : elle les importe de différents pays, notamment d’Europe, d’Asie et d’Afrique.

Les portes d’entrée de l’agent pathogène

En réalité, il existe deux portes d’entrée de l’agent pathogène : les pratiques non hygiéniques (emploi d’eau contaminée, désinfection et nettoyage inadéquats du matériel et des surfaces de contact, manutention par le personnel, etc.), et l’introduction de graines déjà contaminées avant germination. Pour prévenir ce risque, on effectue un test de germination sur chaque lot de graines, suivi d’une analyse microbiologique. Toutefois, selon la littérature scientifique, cela ne suffit pas. Dans une note récapitulative sur les risques relatifs à la salubrité des aliments d’origine végétale, la direction de l’inspection des aliments canadienne précise que « les tests de détection de la contamination des graines ne permettent pas de prouver que des lots ne sont pas contaminés par des pathogènes d’origine alimentaire [5] ». D’où l’impérative nécessité d’effectuer une stérilisation adéquate des graines avant germination. En général, on préconise l’usage d’eau chlorée ou, encore mieux, l’irradiation des graines, ce qui garde intactes leurs qualités nutritionnelles. Or, comme le reconnaît Philippe Bourgois, le patron de Germ’line, l’un des trois plus grands producteurs de graines germées bio de France, « le cahier des charges de l’agriculture biologique interdit l’usage du chlore  [6] ». Bien entendu, l’irradiation est également proscrite en AB.
Ne restent que deux techniques alternatives, selon le patron de Germ’line : « l’immersion dans du vinaigre bio [sic !] ou dans de l’eau réchauffée à 65°, pen- dant quelques minutes ». Sauf que l’OMS recommande un chauffage à 70° mini- mum ! « La cuisson détruit ECEH quand toutes les parties de l’aliment atteignent au moins 70°C », note en effet l’organisation.

Une immersion de quelques minutes dans de l’eau à 65° suffit-elle à rendre inactives les bactéries ? « Ce n’est pas certain », estime David Tribe, professeur au département de microbiologie et immunologie de l’Université de Melbourne (Australie). « Cela dépend également du temps, de la quantité de graines et de la charge bactérienne initiale », poursuit le spécialiste, qui estime qu’une immersion dans de l’eau à 65° pendant quelques minutes est clairement trop risquée. « Des germes pathogènes piégés sur des graines pourraient résister à ces traitements, et nous savons qu’une telle contamination interne avec des germes peut avoir lieu » ajoute-t- il. Bref, quoi qu’en pense M. Bourgois , la germination des graines est un exercice à risque, particulièrement dans le cadre de pratiques bio. C’est ce dont témoigne le fait que le premier foyer de l’épidémie ait été localisé, en Allemagne, chez un producteur bio, qui dispose pourtant d’une installation ultra-moderne. En outre, aucun incident avec cette souche n’a été enregistré dans des graines germées selon des méthodes conventionnelles, alors que le bio ne représente que 15% du marché !

Des graines déjà contaminées ?

La piste des graines contaminées est d’autant plus plausible que dès le 13 juin, le Federal Institute for Risk Assessment a fait savoir qu’une famille de Basse-Saxe avait été intoxiquée après avoir mangé des graines germées produites à la maison à partir d’un kit de graines [7] Le 28 juin, les autorités allemandes ont ensuite fermé une école située dans l’ouest du pays après avoir constaté une dizaine de contaminations, toujours par la même souche, sans lien direct toutefois avec l’exploitation bio de Bienenbüttel. Ces trois cas suggèrent donc une contamination des graines en amont.

Et l’Allemagne n’est pas le seul pays touché. Le 8 juin dernier, une autre intoxication s’est produite en France, plus précisément dans la ville de Bègles, fief du député-maire écologiste Noël Mamère. Moins de trois jours après la mise en garde des autorités allemandes contre l’usage des graines germées , une soupe saupoudrée de graines germées de fenugrec, moutarde et roquette a été servie dans le centre communal de la petite enfance de Bègles ! Les examens bactériologiques effectués ont très rapidement mis en évidence la même souche d’E. coli que celle retrouvée en Allemagne sur au moins quatre patients. Depuis, de nouveaux cas se sont succédés. En France, mais aussi en Suède. Ce qui confirmerait l’hypothèse de graines contaminées.

À partir des foyers allemands et français, une enquête de traçabilité conduite conjointement par l’Agence européenne de sécurité alimentaire (EFSA) et l’ECDC a pu remonter jusqu’à une source commune : la société égyptienne Aga Saat, qui aurait livré des graines de fenugrec bio en 2009 ou en 2010. Reste à confirmer que ces lots étaient bien porteurs de la souche O104:H4. « Il y a encore beaucoup d’incertitudes sur le point de savoir si c’est vraiment la cause commune de toutes les infections, dans la mesure où il n’y a pas actuellement de résultats bacté- riologiques positifs », ont averti les autorités sanitaires.

Le réservoir humain

Mais la piste des graines n’est pas exclusive. Elle ne doit pas occulter une autre source de contamination possible : les êtres humains.

Les experts s’accordent en effet à penser que le réservoir naturel de la souche O104:H4 est l’intestin humain, et non celui des animaux. « Nous connaissons trois antigènes de type H (H7, H12, H21) au sein du sérogroupe qui produit les Shiga toxines et qui se trouve dans les animaux (ovins, bovins). En revanche, le quatrième type (H4) avec la séquence de type 678 du sérogroupe O104, c’est-à-dire la souche HUSEC041, n’a jusqu’à présent jamais été détecté chez les animaux [8] », note le Dr Karch. « Cette bactérie n’a été retrouvée que chez les êtres humains », précise-t-il. Or, elle a été identifiée chez deux patients allemands dès... 2001 ! De plus, 10 personnes de différents pays de l’Union européenne ont été infectées par la souche O104:H4 entre 2004 et 2009, selon la base de données de l’ECDC. Ce qui fait dire au Dr Karch que le germe séjourne chez l’homme en Europe depuis au moins 10 ans. Depuis, il refait surface de manière sporadique, provoquant des maladies bénignes et, à certaines occasions, des intoxications plus sévères.

Enfin, les récents travaux de Flemming Scheutz, responsable du centre de référence des Escherichia pour l’OMS à Copenhague, suggèrent qu’il existe des porteurs sains de O104. « Cette nou- velle souche O104 pourrait avoir la capa- cité de persister dans la population hu- maine, peut-être indéfiniment [9] », indique aujourd’hui l’expert. Il est donc très probable que la bactérie se soit désormais installée dans les intestins d’une large partie de la population européenne. Dans ce cas, le retrait des lots contaminés – dont certains circulent peut-être encore en Europe – ne suffira pas à éviter une nouvelle flambée d’intoxications.

Le vecteur environnemental

Comment expliquer qu’aucune intoxication par cette souche n’ait eu lieu avant mai 2011 ? Très certainement parce que la transmission par contact d’homme à homme semble être difficile, même si un cas a été observé en Hollande, suite à l’intoxication de Hamburg [10]. Il faut donc un vecteur supplémentaire capable d’augmenter la charge bactérienne. Ce qui est indéniablement le cas des graines germées, surtout bio et mangées crues.

Sachant qu’une éradication de cette bactérie est improbable, il importe de reconsidérer intégralement le protocole de fabrication des graines germées bio. Un problème qu’aucun média français n’a soulevé. Le cas de l’exploitation bio de Bienenbüttel suggère que les méthodes de stérilisation bactérienne actuellement pratiquées en bio sont insuffisantes pour inactiver cette souche particulière d’E. coli. « Peut- être qu’elle est difficile à éliminer avec de la chaleur », s’interroge le Dr David Tribe. Il semble tout aussi imprudent de laisser les consommateurs réaliser eux-mêmes leur germination de graines, dans la mesure où ils ne prennent pas, eux aussi, les précautions adéquates pour garantir l’élimination de la bactérie tueuse. Or, aucune indication à cet effet ne figure sur les paquets de graines vendus en magasins...

[1Microbe outbreak panics Europe, Nature,
7juin 2011.

[2L’Allemagne doute du rôle des concombres espagnols, AFP, 31 mai 2011.

[3Escherichia coli entérohémorragique (ECEH),
WHO, Aide-mémoire N°125, mai 2005.

[4E.coli : les autorités allemandes mettent les décès sur le compte de la « malchance », Euractiv, 14 juin 2011.

[5Évaluation des risques relatifs à la salubrité
des aliments d’origine végétale
, Direction de l’inspection des aliments du Canada, décembre 2002.

[6Graines germées : le Bio se rebiffe, Le Nouvel Observateur, 13 juin 2011.

[7How Did German Sprouts Become
Contaminated ?
, Gretchen Goetche, www.foodsafetynews.com, 14 juin 2011.

[8EHEC outbreak strain : Professor Karch suspects humans could be a reservoir /
‘It wouldn’t be the first time’, www.research-in-germany.de, 14 juin 2011.

[9Characteristics of the enteroaggregative Shiga toxin/ verotoxin-producing Escherichia coli O104:H4 strain causing the outbreak of haemolytic uraemic syndrome in Germany, May to June 2011, Scheutz and al., 16 juin 2011.

[10Household transmission of haemolytic uraemic syndrome associated with Escherichia coli O104:H4 in the Netherlands, Eurosurveillance, 23 juin 2011.

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