Dans une note publiée par l’Académie d’agriculture, l’un de ses membres, Philippe Stoop, jette un véritable pavé dans la mare de la fertilisation azotée de synthèse et de son bilan carbone. Explications.
« En France, comme en Europe, il y a un consensus politique sur le fait que les émissions de gaz à effet de serre (GES) agricoles sont majoritairement dues aux engrais azotés de synthèse, ce qui justifie à la fois la mise en place de différentes mesures agronomiques, ainsi que le mécanisme d’ajustement carbone aux frontières (MACF), qui pénalise les importations de ces engrais, alors qu’ils ne sont pratiquement plus fabriqués en UE », constate Philippe Stoop, membre de l’Académie d’agriculture et auteur d’une note intitulée Fertilisation azotée et climat : faut-il réviser les lignes directrices du GIEC pour les pays à climat tempéré humide ?
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Ce mécanisme est entré en application le 1er janvier 2026, né de l’idée qu’abandonner des engrais azotés de synthèse au profit d’autres engrais constitue le levier majeur pour réduire l’empreinte carbone de notre agriculture. Or, selon Philippe Stoop, il n’est pas du tout certain que le calcul sur l’empreinte carbone de l’agriculture repose sur la science.
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« L’histoire de l’évaluation des émissions de N2O dues à la fertilisation azotée est beaucoup plus tortueuse, et est loin d’être close », note l’expert, qui rappelle que « du point de vue scientifique, jusqu’en 2019, il y avait au contraire un consensus scientifique sur le fait que les produits de l’agriculture conventionnelle (produits avec des engrais de synthèse) avaient en fait une empreinte carbone plus faible que les produits bio (produits avec uniquement des engrais organiques) ».
De 2006 à 2019, le Giec avait défini des lignes directrices (LD) qui attribuaient à tout apport d’engrais azoté, n’importe où dans le monde, le même facteur d’émission directe (FE1) de 1 %, c’est-à-dire que l’on considérait que 1 % de l’azote apporté se transformait directement en N2O. Par conséquent, avec ces LD, les aliments produits grâce à une fertilisation purement organique (par exemple, les aliments bio) avaient tout naturellement une empreinte carbone moyenne supérieure à celles des aliments produits en mode intensif avec des engrais de synthèse, simplement en raison de l’augmentation de rendement permise par les intrants de synthèse, qui faisait plus que compenser les émissions de CO2 dues à leur synthèse, quand on les ramène aux quantités d’aliments produites.
« Jusqu’en 2019, il y avait un consensus scientifique sur le fait que les produits de l’agriculture conventionnelle avaient une empreinte carbone plus faible que les produits bio », note Philippe Stoop
Le Giec revoit ses lignes directrices
Or, en 2019, le Giec a ajusté ses LD en distinguant cette fois deux régions différentes dans le monde : sèches et humides. Et pour les régions humides, il a distingué les engrais organiques, dont le FE1 était ramené à 0,6 %, des engrais minéraux, dont le FE1 a été remonté à 1,6 %, soit 2,7 fois plus que pour les engrais organiques. « Comme on pouvait s’y attendre, en attribuant aux engrais minéraux un FE1 2,7 fois plus élevé qu’aux engrais organiques, les LD 2019 du Giec ont inversé le classement de l’empreinte carbone en faveur de l’AB », explique Philippe Stoop, qui poursuit : « Cependant, même en distinguant deux régions dans le monde, il est clair que ces nouvelles LD restent très approximatives, en particulier dans les pays à cheval sur ces deux zones, comme la France. C’est pourquoi les pays qui ont suffisamment de données scientifiques ont décidé de définir par eux-mêmes des LD nationales dites de Tier2 (niveau 2), et basées empiriquement sur leurs travaux. » C’est en effet ce qu’ont déjà réalisé trois pays voisins de la France, situés entièrement en zone humide : l’Allemagne, les Pays-Bas et le Royaume-Uni. « Malgré leur diversité, ces LD de Tier2 partagent toutes deux points communs forts par rapport aux LD 2019 : elles aboutissent à des FE1 nationaux voisins inférieurs ou proches de 1 ; et les écarts entre engrais organiques et minéraux y sont beaucoup plus faibles, voire considérés comme non significatifs en Allemagne », note encore Philippe Stoop. Dans ces trois pays, il apparaît donc que les LD 2006 étaient bien plus pertinentes que les LD 2019, puisque celles-ci surestiment globalement les émissions de N2O pour les engrais minéraux. En France, le programme de recherche Nogas2 arrivait à des conclusions similaires, mais il a été interrompu en 2015 avant d’aboutir à des LD nationales, et n’a pas été repris ensuite.
Des conséquences inattendues
Tout cela a bien entendu des conséquences, comme l’explique Philippe Stoop : « À conduite identique, un blé conventionnel produit dans le nord de la France est réputé avoir une empreinte carbone plus élevée que son équivalent allemand ! »
De même, alors qu’en France, où le Label bas-carbone repose sur les LD 2019 du Giec, remplacer les engrais minéraux par des engrais organiques permet de générer des crédits carbone, ce n’est pas le cas en Allemagne, où l’on considère que ces deux formes d’azote ont le même facteur d’émission directe.
« À conduite identique, un blé conventionnel produit dans le nord de la France est réputé avoir une empreinte carbone plus élevée que son équivalent allemand ! », constate Philippe Stoop
« Ceci n’arrange pas la crédibilité de la politique environnementale française et il serait donc nécessaire d’éclaircir la situation en définissant des LD nationales françaises indiscutables, basées sur les nombreuses données accumulées dans notre pays. Or, en France, la recherche publique n’a pas bougé, alors que l’Allemagne, les Pays-Bas et le Royaume-Uni ont fait reconnaître scientifiquement la valeur de leurs LD nationales », déplore l’expert, qui reprend : « Le manque de réactivité de la recherche publique est d’autant plus surprenant que les LD 2019 aboutissent à des règles étranges sur le plan scientifique : l’urée de synthèse a un FE1 2,7 fois plus élevé que les lisiers (composés essentiellement d’urée naturelle) et tout mélange d’engrais organique et de synthèse, quel que soit l’équilibre de ce mélange, a le FE1 élevé d’un engrais de synthèse pur, comme si toute goutte ou granulé d’engrais de synthèse suffisait pour corrompre complètement l’engrais organique qui l’accompagne. »
Ce manque de cohérence scientifique des LD actuelles est bien entendu connu des professionnels de la fertilisation. « Mais dans le climat politico-médiatique malsain qui règne en France, leur avis est inaudible, car immédiatement assimilé à du lobbying, en particulier quand il remet en cause les allégations environnementales de la filière bio », remarque Philippe Stoop.
Pourtant, comble du ridicule, si on devait revenir aux LD de 2006, ou à des LD nationales proches, dans lesquelles les engrais de synthèse auraient des FE1 identiques ou voisins de ceux des engrais organiques, on retrouverait au bout du compte (comme avant 2019) des aliments conventionnels dont l’empreinte carbone est plus faible…
